เชื้อราเอนโดไฟต์  คือเชื้อราที่เจริญอยู่ภายในลำต้น  กิ่ง  ใบและส่วนต่างๆของพืชที่มีความสมบูรณ์  โดยไม่ก่อให้เกิดโรคใดๆกับพืชที่อาศัย   สำหรับเชื้อราเอนโดไฟต์ที่พบจากพืชเป็นแหล่งที่สำคัญในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ  ซึ่งในปัจจุบันนำมาใช้ในทางการแพทย์  ทางการเกษตร และอุตสาหกรรมอาหาร  ในช่วง 20 ปีที่ผ่านมาเราพบสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพจำนวนมากที่มีผลในการต้านจุลินทรีย์  กำจัดแมลงศัตรูพืช  เป็นพิษต่อเซลล์และต้านเซลล์มะเร็ง  ซึ่งส่วนใหญ่จะถูกค้นพบมากจากเชื้อราเอนโดไฟต์  ความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดและวิวัฒนาการร่วมกันของเชื้อราเอนโดไฟต์กับพืชที่เป็นโฮสต์  ทำให้สามารถผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่ใช้เป็นยารักษามะเร็ง  เนื้องอก  ยารักษาโรคทั่วไป ฮอร์โมนไฟโตเอสโตรเจน ได้แก่ paclitaxel, podophyllotoxin, camptothecine, vinblastine, hypericin  และ diosgenin เป็นต้น